最初に行ったときは

最初に行ったときは確かにアプリケーションフォルダじゃないフォルダにあったので、
Tune-up iTunesをアプリケーションフォルダに移動してから実行しなおしたのですが
同じアラートが出ます。
システムを再起動しても、症状は変わりません。

同じような症状が出ている方、いますでしょうか？

私のところでも同様の事象を確認しました。マシンが違うだけで環境構成は同一です。
作者の方がフィックスしてくれるのを待つしかないようですね。

なぜかTune-up iTunesがOSX10.6に対応していない感じですね。
作者の方のホームページを見ても10.6に関しては何も記述がありませんでした。
対応を待つしかなさそうですね。
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それと、iTunesのミュージック・フォルダを外付けのHDに置いているんですが
読み込んだファイルが「外付け」と「ホーム/ミュージック/iTunes/iTunesMusic」両方に
保存されてしまいます...。
両方に保存されている曲の情報を見るとファイルの場所は「外付け」になっています。